UC-Davis genetische diversiteitsonderzoek.

We zijn blij om te mogen samenwerken met de Universiteit van Davis in Californië, voor onze studie over de genetische diversiteit van honden.Eén van de beste genetisch onderzoekslaboratoria voor honden in Amerika!
Een eenvoudige uitleg over het wat en waarom.

De korte versie.
Genetische diversiteit helpt de ongewenste effecten van eerdere inteelt te voorkomen. De meeste rashonden hebben veel inteelt achter zich – niet persé in hun directe stamboom, maar al heel lang geleden toen hun rassen voor het eerst werden gecreëerd. Als een ras nooit nieuw bloed introduceert, verdwijnen de effecten van die inteelt nooit. Als een ras niet goed wordt beheerd, kan het zelfs erger worden. Daarom is het tegenwoordig bijna een zeldzaamheid om te horen over een “gezond” ras van raszuivere honden. Enkele van de ongewenste effecten van inteelt zijn: meer genetische ziektes, zwakkere immuunsystemen, voortplantingsproblemen en hogere pup sterfte.

De ISSA Shiloh Shepherd-fokkers hebben allemaal samengewerkt om een groot deel van onze honden bij de UC-Davis-studie te betrekken. We zien de eerste tekenen dat onze honden te nauw verwant zijn; meer genetische ziektes steken de kop op, meer keizersneden en kleinere nesten. Onze Shilohs zijn nog steeds redelijk gezond, maar kost veel moeite en een zorgvuldig beheer om op dat zo te houden.

De studie heeft bewezen wat we al vermoedden: ISSA Shiloh Shepherds hebben minder genetische diversiteit dan enige andere populatie van honden die via UC-Davis getest zijn. Ons zorgvuldig fokbeleid heeft ons geholpen om de kleine diversiteit die we hadden goed te spreiden. Maar nu moeten we deze tool omarmen en proactief vooruit gaan.
Slechts een klein aantal honden werd gebruikt om ons ras te creëren en ze waren allemaal, ten minste gedeeltelijk, verwant. De bevindingen van het UC-Davis-onderzoek bevestigen dit ontmoedigende feit volledig. De studie stelde ons echter in staat de zeldzame genenpakketten in ons ras te vinden, zodat we er nu aan kunnen werken om die te behouden voor ons ras. Het idee is om onze populatie gezond te houden terwijl we onze opties verkennen om nieuwe diversiteit toe te voegen (u kunt  HIER  lezen waar we aan werken).

Maar werkt dit soort dingen echt? Absoluut. Dierverzorgers die met bedreigde diersoorten werken, hebben dit soort informatie gebruikt om zeldzame dierpopulaties te behouden. Zelfs veehouders gebruiken deze technologie om hun dieren gezond te houden. Dus wij hondenfokkers lopen een beetje achter… maar met zoveel andere fokprogramma’s zoals dit, die succesvol zijn gebleken, hebben we hoge verwachtingen van de toekomst!

Tot zover de korte versie, hieronder lees je de uitgebreide uitleg.

Genetische diversiteitsonderzoek-algemeen
Allereerst, wat is het? Er lijkt een beetje een misvatting te bestaan dat het voltooien en gebruiken van de diversiteitstudie automatisch dingen als heupdysplasie en andere genetische ziekten zal oplossen. Dit is niet waar! De verantwoordelijkheid om genetische afwijkingen op te sporen, te volgen en te proberen om ze te verminderen, rust nog steeds op de schouders van elke fokker en rasvereniging. De diversiteitsstudie probeert de negatieve effecten van inteelt te identificeren – niet alleen in een nest, maar vanaf het allereerste begin van het ras – zodat ze kunnen worden tegengegaan door een proactief fokprogramma dat op diversiteit is toegespitst. Dit kan de frequentie van genetische aandoeningen op een positieve manier beïnvloeden, maar het is geen wondermiddel. Het KAN het immuunsysteem en de reproductieve gezondheid aanzienlijk verbeteren.

Het tegengif voor inteelt
Dus we kunnen genetische diversiteit zien als de oplossing voor teveel inteelt. De meeste rashonden werden gecreëerd door inteelt – het heeft het “type” bepaald dat hen definieert en geeft ze een ander uiterlijk en temperament in vergelijking met andere rassen. Maar als het stamboek eenmaal is gesloten en er geen vers bloed is binnengekomen, zijn de effecten van honderd jaar geleden uitgevoerde inteelt nooit verdwenen. Als een ras niet goed wordt beheerd, kan het erger worden. Zelfs fokkers die vandaag inteelt vermijden, werken nog steeds met de genenpoel van dezelfde kleine groep originele honden. Het ene ras meer dan het andere, maar ze lijden allemaal nog steeds aan de gevolgen van inteelt. De ISSA Shiloh is bijvoorbeeld terug te voeren tot slechts twintig oorspronkelijke honden en ze waren allemaal op zijn minst gedeeltelijk gerelateerd. Ongeacht hoeveel honden we vandaag in onze genenpool hebben, de genen van die twintig honden is ALLES waarmee we moeten werken. Wat is er nodig om diversiteit in het hele ras te krijgen? Om echt impact te hebben, vereist dit een groep fokkers die allemaal samenwerken om nieuwe honden binnen te laten komen, die dan ook toegewijd zijn om de fokproducten daarvan te gebruiken. ISSA-fokkers zetten zich als groep in om deze informatie te gebruiken om een gezondere Shiloh te bereiken.

Waarom doen we het op deze manier?
Toen de ISSA werd opgericht, wilden we als fokkers precies weten waarmee we moesten werken binnen onze groep fokdieren. De meesten van ons hadden via het Institute of Canine Biology cursussen voor populatiegenetica gevolgd, dus we wisten dat een populatie honden in de problemen kon komen als er geen genetische diversiteit was (als je de termen ‘inteeltdepressie’ of ‘popular sire-effect’ hebt gehoord, weet je waar we ons zorgen over maakten). We hebben de diversiteitsstudie gedaan die het DNA van onze fokhonden in kaart gebracht heeft, om erachter te komen waar we stonden. We hebben UC-Davis gevraagd onze ISSA-honden te scheiden van andere Shilohs omdat we ons specifiek wilden concentreren op onze eigen fokpopulatie en antwoorden wilden krijgen over de honden waarmee we verder gingen, als onze basis.

De UC-Davis-test brengt een grote verscheidenheid aan markers (STR genaamd), die zich in de genregio’s bevinden, in kaart die verschillen definiëren tussen individuen. Maar doen al onze genen dat niet? Eigenlijk niet. Wist je dat slechts 0,5% (of minder!) Van je genetische code jou onderscheidt van andere mensen op deze planeet? Dat is hetzelfde met honden. Alle honden, van de kleinste Chihuahua tot de grootste Ierse wolfshond hebben, voor het grootste deel van hun genen, dezelfde genetische samenstelling. Slechts een klein deel is anders en het zijn deze markeringen die worden uitgevoerd voor zaken als het bepalen van vaderschapstests of het uitvoeren van forensische toepassingen.

DLA en STR
De UC-Davis-test scheidt ook zeer bruikbare groepen genen af die het potentieel hebben voor veel diversiteit, genaamd “DLA-haplotypes”. Een haplotype is slechts een groep genen die samen in een blok worden geërfd. Van de DLA-haplotypes is aangetoond dat ze een sterke invloed hebben op de gezondheid van het immuunsysteem. Zelfs bij mensen weten we dat van veel genetische ziekten wordt gedacht dat ze immuunsysteemfactoren hebben; het lijkt hetzelfde te zijn bij honden. Het doel van de UC-Davis-test is om te bepalen hoe verschillend onze individuele fokhonden genetisch zijn, maar het is ook om te zien hoeveel verschillend materiaal we potentieel hebben op elke locatie of elk gen. Sommige rassen hebben bijvoorbeeld veel verschillende haplotypes in hun DLA, terwijl andere slechts een paar mogelijke variaties hebben. Met STR kan een echt diverse groep honden misschien wel acht of negen mogelijke allelen (genvariaties) hebben op één STR-marker; maar een ras dat erg nauw verwant is, zou er bijvoorbeeld maar vier kunnen hebben. Erger nog, er is iets op elke STR-locus dat “effectieve allelen” wordt genoemd. Dat betekent dat je misschien 6 mogelijke allelen in je fokpopulatie bij die marker hebt, maar de meeste honden zijn erg verwant, dus 80% van je genenpool heeft slechts dezelfde twee allelen en de andere vier zijn slechts in een relatief kleine populatie van honden te vinden. Hetzelfde geldt voor DLA; misschien heeft jouw ras in totaal acht Type I haplotypes, maar de overgrote meerderheid van de honden bezit dezelfde twee of drie van die acht.

Laten we eens kijken naar het gemiddelde aantal allelen en effectieve STR-allelen voor een heel divers ras, de Havanezer en vergelijken met onze Shilohs.

Havanezer:
Gemiddeld aantal allelen per locus: 8,88
Effectieve allelen per locus: 4,52

ISSA Shiloh Shepherds:
Gemiddeld aantal allelen per locus: 4,45
Effectieve allelen per locus: 2,63

Onze Shilohs hebben slechts HALF zoveel diversiteit van de Havanezer wanneer je ze naast elkaar legt. Erger nog, bijna de helft van de allelen die in ons ras bestaan, wordt in slechts een klein deel van de Shilohs gezien. Gebrek aan diversiteit staat gelijk aan meer effecten van inteelt en zeldzame allelen kunnen gemakkelijk verloren gaan, tenzij er actie wordt ondernomen. Begrijp je waarom dit een probleem zou kunnen zijn? Wat de UC-Davis diversiteitsstudie voor ons heeft gedaan, is ons te laten zien waar deze zeldzamere allelen of haplotypes zijn. We kunnen dus die honden gebruiken en nakomelingen laten produceren die diversiteit dragen om ze breder in onze genenpoel te verspreiden. Het doel is ervoor zorgen dat we geen zeldzaam genetisch materiaal verliezen (wat onze honden op de lange termijn meer verwant zou maken).

Samenvattend; je wilt zoveel mogelijk variatie op elk STR-punt zodat het je “speelruimte” geeft – het betekent dat je fokbeslissingen kunt nemen om honden te paren die zo verschillend mogelijk zijn, hopelijk verlaagt het de kans dat twee “slechte” genen samenvallen en problemen veroorzaken. Je wilt veel variatie in de DLA van je fokpopulatie voor gezondere immuunsystemen. Als je veel variatie hebt in beide dingen en je populatie fokhonden groeit, krijg je een betere kans om genetische problemen te verminderen. Zeker als je het combineert met een goede registratie en opvolging van ziektes dat fokkers aanmoedigt eerlijk te zijn over wat ze produceren .

De resultaten
Na fase één van UC-Davis-testen worden uw resultaten gepubliceerd op de UC-Davis-website. Je kunt de volledige UC-Davis-onderzoeksresultaten voor onze ISSA Shiloh Shepherds HIER lezen. Nu de basishonden is verwerkt en de voorlopige analyse is voltooid, heeft UC-Davis de rapporten per hond verstuurd. Hierbij wordt vermeld waar deze zich bevindt op de schaal van minder divers tot meer divers, in vergelijking tot een meerderheid van de ISSA-populatie. Hier is een voorbeeld van een ISSA Shiloh: Blaze of Glory van CH Sparta (Blazie)

Hoe lezen we de resultaten van Blazie?

Het blok links vertelt ons hoe divers de genen binnen Blazie zelf zijn. Als ze twee kopieën van dezelfde marker op een gen heeft, is ze minder divers; als de twee allelen verschillend zijn, is ze meer divers. Als ze bovendien wat zeldzamere markeringen heeft, komt ze verder in het groen terecht. Als je naar de rode pijl in het vak aan de linkerkant kijkt, kun je zien dat Blazie veel diversiteit heeft! De pijl staat helemaal links, in het groen.

Als we naar de rechterkant van het rapport kijken, zien we dat dit waarschijnlijk komt omdat ze twee verschillende markers op veel van haar genen heeft (hoe meer verschillende kleuren in de tabel rechtsboven, hoe meer verschillende markers aanwezig zijn). Bovendien bezit ze vier verschillende DLA-haplotypes, zonder duplicaten. Om te zien hoeveel zeldzame markers Blazie bezit, of om te zien of een van haar DLA-haplotypes zeldzaam is, moeten we haar rapport raadplegen, dat wordt ge-e-maild met het certificaat en vervolgens vergeleken met de resultaten die in het onderzoek zelf zijn beschreven. Het is belangrijk op te weten dat twee minder diverse honden nog steeds zeer diverse pups kunnen produceren als ze verschillende groepen markers dragen! Evenzo kunnen twee verschillende honden minder diverse nakomelingen produceren als ze veel dezelfde sets markers dragen. Het is dus ingewikkelder dan het lijkt en dit rapport is slechts het begin van het werk.

Nu gaan we fase twee binnen, gebruikmakend van deze informatie. In fase twee blijven we honden invoeren; we proberen honden te gebruiken die zeldzamer genetisch materiaal hebben en dat beter te verspreiden en we proberen honden te paren die genetisch verschillend van elkaar zijn om zo hopelijk het ras naar een betere gezondheid te loodsen. We zullen ook nesten pups testen, zodat we – naast een goede bouw en een stabiel temperament – de meest genetisch diverse pups kunnen kiezen om verder te gebruiken in ons fokprogramma.

De toekomst
Al deze tactieken stellen ons in staat om de diversiteit die we hebben, te behouden. Maar als je onze pagina hebt gelezen over waarom we denken dat we moeten outcrossen, weet je dat dit slechts een klein deel is van ons plan. Als we alleen binnen het Shiloh Shepherd-ras blijven fokken, dan geeft het ons geen extra genetische “speelruimte”. We kunnen immers niet allemaal dezelfde honden gebruiken met de zeldzame genen? Daarnaast zouden door pech honden kunnen verliezen met een diversiteit die niet kan worden vervangen. Eén ding dat deze studie heeft bevestigd, is dat we moeten outcrossen om vers bloed te introduceren van een niet-verwant ras om onze honden gezond te houden. We kunnen deze studie gebruiken om de diversiteit in outcross-pups te volgen om de gezondheidsvoordelen van outcrossing te behouden terwijl we zorgvuldig deze nieuwe genen verspreiden in onze genenpoel. Te beginnen met onze eerste outcross, we sturen zijn DNA naar UC-Davis om te zien welke allelen en genengroepen hij bezit die onze honden niet hebben. Wanneer de eerste outcross pups geboren zijn, zullen we deze ook allemaal testen om te zien hoe die diversiteit is in de pups is verdeeld. Als we deze pups daarna weer kruisen met Shilohs om ons uiterlijk en temperament terug te krijgen, zullen we zoveel mogelijk van die diversiteit behouden als we kunnen. De Outcross-pups zullen verschillende testen ondergaan waaronder de diversiteitstest van UC-Davis.

Alle intacte ISSA Shiloh Shepherds in Nederland zijn getest en alle toekomstige pups zullen worden getest voordat ze het nest verlaten. Het gezegde gaat: er is een dorp nodig om een kind groot te brengen. Er is ook een toegewijde gemeenschap voor nodig om een gezond ras te ontwikkelen. Allemaal heel erg bedankt voor uw deelname en steun bij deze zeer belangrijke onderneming. Wij geloven dat deze tool onze Shiloh Shepherds zal helpen om een van de gezondste rassen ter wereld te worden!